За пределами территорий населённых пунктов ширина водоохранной зоны рек, ручьев, каналов, озер, водохранилищ и ширина их прибрежной защитной полосы устанавливаются от соответствующей береговой линии (границы водного объекта), а ширина водоохранной зоны морей и ширина их прибрежной защитной полосы – от линии максимального прилива. При наличии централизованных ливневых систем водоотведения и набережных границы прибрежных защитных полос этих водных объектов совпадают с парапетами набережных, ширина водоохранной зоны на таких территориях устанавливается от парапета набережной.
Особый правовой режим водоохранных зон выражается, прежде всего, в наличии ряда запретов и ограничений. В соответствии с частью 15 статьи 65 Водного кодекса Российской Федерации в границах водоохранных зон запрещается:

• 1) использование сточных вод в целях регулирования плодородия почв;
• 2) размещение кладбищ, скотомогильников, объектов размещения отходов производства и потребления, химических, взрывчатых, токсичных, отравляющих и ядовитых веществ, пунктов захоронения радиоактивных отходов;
• 3) осуществление авиационных мер по борьбе с вредными организмами;
• 4) движение и стоянка транспортных средств (кроме специальных транспортных средств), за исключением их движения по дорогам и стоянки на дорогах и в специально оборудованных местах, имеющих твёрдое покрытие;
• 5) размещение автозаправочных станций, складов горюче-смазочных материалов (за исключением случаев, если автозаправочные станции, склады горюче-смазочных материалов размещены на территориях портов, судостроительных и судоремонтных организаций, инфраструктуры внутренних водных путей при условии соблюдения требований законодательства в области охраны окружающей среды и настоящего Кодекса), станций технического обслуживания, используемых для технического осмотра и ремонта транспортных средств, осуществление мойки транспортных средств;
• 6) размещение специализированных хранилищ пестицидов и агрохимикатов, применение пестицидов и агрохимикатов;
• 7) сброс сточных, в том числе дренажных, вод;
• 8) разведка и добыча общераспространённых полезных ископаемых (за исключением случаев, если разведка и добыча общераспространённых полезных ископаемых осуществляются пользователями недр, осуществляющими разведку и добычу иных видов полезных ископаемых, в границах предоставленных им в соответствии с законодательством Российской Федерации о недрах горных отводов и (или) геологических отводов на основании утверждённого технического проекта в соответствии со статьёй 19.1 Закона Российской Федерации от 21 февраля 1992 года № 2395-1 «О недрах»).

В границах прибрежных защитных полос действуют дополнительные ограничения, помимо вышеизложенного также запрещается:

• 1) распашка земель;
• 2) размещение отвалов размываемых грунтов;
• 3) выпас сельскохозяйственных животных и организация для них летних лагерей, ванн.

Закон допускает проектирование, строительство, реконструкцию и эксплуатацию хозяйственных и иных объектов в границах водоохранных зон при условии оборудования таких объектов сооружениями, обеспечивающими охрану водных объектов от загрязнения, засорения, заиления и истощения вод (централизованными системами водоотведения (канализации), локальными очистными сооружениями для очистки сточных вод, сооружениями для сбора отходов производства и потребления).
В отношении территорий ведения гражданами садоводства или огородничества для собственных нужд, размещенных в границах водоохранных зон и не оборудованных сооружениями для очистки сточных вод, допускается применение приёмников, предотвращающих поступление загрязняющих веществ и микроорганизмов в окружающую среду.
Статьёй 104 Лесного кодекса Российской Федерации установлены дополнительные особенности правового режима лесов, расположенных в водоохранных зонах. Так, в таких лесах запрещаются:

• 1) проведение сплошных рубок лесных насаждений (за исключением случаев строительства, реконструкции, эксплуатации линейных объектов, которые не запрещены или не ограничены в соответствии с законодательством Российской Федерации);
• 2) использование токсичных химических препаратов для охраны и защиты лесов, в том числе в научных целях;
• 3) ведение сельского хозяйства, за исключением сенокошения и пчеловодства;
• 4) создание и эксплуатация лесных плантаций;
• 5) размещение объектов капитального строительства, за исключением линейных объектов, гидротехнических сооружений и объектов, связанных с выполнением работ по геологическому изучению и разработкой месторождений углеводородного сырья.

Частью 1 статьи 8.42 Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях предусмотрена административная ответственность за использование прибрежной защитной полосы водного объекта или водоохранной зоны водного объекта с нарушением ограничений хозяйственной и иной деятельности.
Указанные действия влекут наложение административного штрафа на граждан в размере от трех тысяч до четырех тысяч пятисот рублей; на должностных лиц – от восьми тысяч до двенадцати тысяч рублей; на юридических лиц – от двухсот тысяч до четырехсот тысяч рублей.
Кроме того, статья 8.12 Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях устанавливает административную ответственность за нарушение режима использования земельных участков и лесов в водоохранных зонах.
За данные нарушения предусмотрено наложение административного штрафа на граждан в размере от трех тысяч до пяти тысяч рублей; на должностных лиц – от сорока тысяч до пятидесяти тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, – от сорока тысяч до пятидесяти тысяч рублей или административное приостановление деятельности на срок до девяноста суток; на юридических лиц – от двухсот тысяч до трехсот тысяч рублей или административное приостановление деятельности на срок до девяноста суток.